望奎，遥望“卜奎”之义。望奎县的发展历史较久远，据《望奎县志》记载：从旧石器晚期，古人类向黑龙江地区迁徙，形成了本地区古代原始民族的基础。随着人类活动和自然变迁，望奎县的发展历史已达千余年。

望奎早在契丹、辽时期前，就有人类在此繁衍生息，秦汉之际，为貊族系的北支，已经进入青铜器时代，历史上称夫余。

公元前2世纪，夫余建国，属于汉朝中央集权封建初国家管辖下的一个奴隶制的地方政权，望奎乃其辖境。魏、晋、南北朝时，望奎属夫余后裔，隋唐时，中原王朝在黑龙江流域设置了一系列行政机构，望奎为靺鞨黑水都督府达莫娄部辖境。

公元698年,以靺鞨贵族为主，建立了区域性的封建政权——震国(渤海国的前身)，望奎为其辖区。公元926年，归属辽朝，属东京道同为吕不韦部室，受节度使节制。1115年归属金朝，为上京路会宁府辖地，1198年以后属蒲峪路。

1234年，蒙古灭金,1271年建国号为元，成吉思汗弟帖木哥斡赤斤受封于松花江以北地区,望奎为其封地，后归水达达路管辖。明朝，望奎属奴儿干都指挥使司辖地。

清灭明后，女真人入关望奎曾出现短暂的“真空”，直到光绪二十四年(1898年)清政府设置通肯付都统衙门驻绥化。光绪三十二年(1906年)八月，望奎邑绅出放街基，取名“双龙城”。光绪三十四年(1908年)改为望奎镇 (因可以遥望当时的省会齐齐哈尔，即卜奎而名望奎)。1913年(民国二年)将街基扩宽，东西长2470m，南北宽1780m，城型规整，道路棋盘形。

民国五年（1916年），望奎设治，由海伦县区域中划出119个村屯，奉令改为二等县，隶属绥兰道，设望奎、莲花、海丰三镇、通江一埠及东、南、西、北四乡。民国七年（1918年）二月至民国十八年（1929年）二月，称“望奎县公署”，隶属绥兰道。民国十八年（1929年）二月十五日，县政权改称“望奎县政府”，至民国二十一年（1932年）三月，辖于黑龙江省。民国十九年（1930年），望奎县奉令实施自治区划，划分为六个区，共辖109乡。伪满康德六年（1939年）六月至伪满康德十二年（1945年）八月，伪望奎县公署属伪北安省公署辖。

1945年8月15日，日本战败投降，伪政权解体。至同年10月29日，官僚政客乘虚而入，争权夺位，短短两月余先后成立两期“地方治安维持会”。1945年11月至同年12月，共产党接管政权，组织临时政府，属黑龙江省辖。1949年10月至1954年5月，县政府改称“望奎县人民政府”属黑龙江省辖。1954年6月至1958年8月，人民政府改称“望奎县人民委员会”，属黑龙江省辖。1956年3月，直属绥化专员公署辖。1965年7月至1967年2月11日，属绥化专员公署辖。1967年2月至1980年5月，文化大革命中改称“县革命委员会”，隶属绥化地区革命委员会。1980年6月至1985年，县政权改称“望奎县人民政府”，属绥化行政公署辖。1999年12月28日，国务院批准撤销绥化地区和县级绥化市，设立地级绥化市，望奎县属绥化市管辖。

建国后行政区划几经调整，现望奎县共辖八镇七乡109个村，乡镇有：望奎镇、通江镇、卫星镇、海丰镇、莲花镇、惠七镇、先锋镇，火箭镇、东郊乡、灵山乡、后三乡、灯塔乡、东升乡、恭六乡、厢白乡。